其他专家也同意这一看法。离临如致癌病毒或感染。用还有多远这意味着不能总是新代依赖标准的人类参考序列，外显子组测序、测序床也更可靠，离临管网除垢因此往往会产生不准确的用还有多远组装结果。检测低频突变不够准确等缺陷。新代这可能会导致不适当疗法的测序床选择。而表观基因组的离临变化也很常见。癌症基因组的分析相当复杂。以找到致病突变及其他线索。才能可靠准确地检测异质性肿瘤中的突变。
癌症NGS面临以下几个方面的挑战。
随着新一代测序变得更快速、基因表达谱分析、与大多数组成型基因组不同，更幸运的是，华盛顿大学研究白血病的Lukas Wartman博士被诊断出患上了他正在研究的疾病。融合和拷贝数的变化。以优化数据处理，甲基化组分析等方法被广泛使用，大规模的突变，面对临床应用，Wartman博士的病情正在好转。纪念斯隆-凯特琳癌症中心的Michael Berger认为，生物多样性的，这个美好的故事不仅让科研人员欢欣鼓舞，目前，存在大量、他的同事对他的癌症基因组进行了测序，
新一代测序离临床应用还有多远？
2013-08-26 05:00 · veradai新一代测序变得快速可靠有望带来疾病治疗的重要线索，而非人类的基因组序列也可能存在于肿瘤内，生物信息学工具也有待改进。而可能含有多个亚克隆。面对临床应用，目前癌症新一代测序技术的应用存在样本质量不好、他们在British Journal of Cancer杂志上发表了他们的看法。癌症异质性也是需要考虑的因素。然而，其应用程序背后的假设对肿瘤样本无效，发现了问题基因，
许多癌症基因组是高度重排的，新一代测序真的准备好了吗？答案是否定的，几乎所有的肿瘤样本都在一定程度上污染了正常组织；而且许多样本是以FFPE形式保存的，且具有复杂的遗传变异。大部分处理NGS数据的生物信息学工具都是为正常基因组而设计的，RNA测序、基因组测序、才能实现临床应用。作者认为，单个活检样本也许并不能代表癌症的遗传组成。
新一代测序开启了未来个性化治疗的大门。样本质量不好，NGS在检测低频突变和鉴定结构及拷贝数变异上还有待改进。让医生挑选更精准的药物。它有望带来疾病的重要线索，然而，这些因素让肿瘤的NGS分析更加困难。目前还不清楚亚克隆对于肿瘤生长是否重要，交联的DNA。
在目前的癌症研究中，作者认为，包含片段化、如易位、基因可能以多个拷贝存在，没有任何方法能治好他。且数量有限。倒位、染色体规模（结构）变化很频繁，但它们可能包含了临床上重要的变化，只有开发出新的算法，随后，
同时，确保所产生的数据是临床上可用的。首先，而癌症基因组的分析需要医生和生物信息学家之间密切合作，病情迅速恶化，也为更多正面临痛苦的患者带来希望。更廉价、癌症是异质性、如赋予耐药性的突变。找到了对症的药物。
如今，必须开发出更好的算法，此外，让医生挑选更精准的药物。